空间转录组技术不仅可以提供研究对象的转录组等数据信息，同时还能定位其在组织中的空间位置，对癌症发病机制、神经科学、发育生物学等众多领域的研究来说都具有重要意义。目前该技术主要适用于新鲜冷冻组织样本，临床通常使用的 FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）样本资源无法得到更加有效的应用。目前针对 FFPE 样本的空间基因表达解决方案，可以从 FFPE 样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的空间表达信息。

1、打破对新鲜冰冻样本的局限性，使临床上大量的 FFPE 样本得到更加有效的利用；

2、RNA 模板连接（RTL) 探针集，具有高灵敏性和特异性，且探针集覆盖了人和小鼠超过 18000 个基因；

3、可以结合更广泛的病理信息和预后信息，筛选生物标记物、进行回顾性和纵向研究，揭示更广泛更深入的生物学问题。

1、满足组织贴片实验（不脱片）；

2、RNA 完整性：DV200>50%。

通过生物信息分析直观地展示 spot 分群和 spot 亚群在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。此外，还提供个性化需求分析等丰富的分析内容，包括单细胞数据与空转数据的联合分析等。

图 基于 spot 的 cluster 分类（t-sne 图）和 cluster 在切片上的分布

图 海马 marker HCPA 基因在切片上的表达分布（红色区域表达量高）

图 根据病理信息选择特定区域进行分析（或者多个区域进行比较分析）

图 不同细胞类群映射到切片上的结果

文章名称：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

发表时间：2022 年 3 月

发表期刊：Immunity

影响因子：31.428

发表单位：法国索邦大学 Cordeliers 研究院