精品推荐 | 合成DNA片段,何不选用快且准确的方式?-技术前沿-资讯-生物在线

精品推荐 | 合成DNA片段,何不选用快且准确的方式?

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2023-11-17T00:00 (访问量:17618)

 

给各位小伙伴们推荐精品之前,小翌先给大家出一道最近小翌碰到的问题╰(*°▽°*)╯

 

问:已知Taq DNA酶的最适变性和退火时间为30秒,最适延伸速度是60秒/kb,推荐循环数为35个循环,在克隆实验中小翌合成5 kb长的DNA片段理论上需要多久呢?

 

A. 理论上大概要3个小时左右

B. 理论上大概要4个小时左右

C. 理论上大概要5个小时左右

D. 理论上3分钟,安排师弟做(→ܫ←)

 

答案

B:预变性5 min+(变性30s+退火30s+延伸5min)×35+终延伸10min=225min

 

实际上小翌用这类Taq DNA酶合成5 kb的片段时,都不止4个小时,PCR仪器本身还有自己的升降温时间。试想一下,合成5 kb大小的DNA片段加上电泳验证,小翌要花一个下午才能确认(。_。)。除此之外,还有个潜在的风险,那就是辛辛苦苦花一下午合成的片段大小对了,序列不对,有部分碱基突变!

 

为避免这种情况的发生,最好的办法是用一个能又快又好合成DNA片段的DNA合成酶(安排小翌的师弟做)。目前出现了不少合成速度快的高保真酶,那高保真酶究竟是什么呢?

 

高保真DNA聚合酶相比于Taq DNA 聚合酶有所不同,两者最大的区别在于前者具有强校正活性,基于其 3′ → 5′核酸外切酶活性,可校正错误插入的核苷酸。当出现错配的核苷酸时,DNA合成会因为错误的匹配而暂时停止,期间高保真DNA聚合酶将切除错配的核苷酸并使用正确的核苷酸进行替换。

 

 

衡量不同高保真DNA聚合酶校正功能的指标是保真度,保真度通常用错配率的倒数表示(保真度=1/错配率),指的是发生错配的核苷酸数量与合成的总核苷酸数的比值,错配率越低则表示保真度越好。

 

DNA聚合酶保真度的检测方法多种多样,例如蓝白班筛选鉴定、一代测序和二代测序等,使用不同的检测方法结果也会不一样。

 

 

 特别推荐 

2× Hieff Canace® AdvanceFast PCR Master Mix

 

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高保真好:低错配率,高GC易突变序列中碱基错配比231/300000

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扩增速度快:延伸速度快至5 sec/kb,省时高效

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适用性广:可覆盖20-80%GC含量的基因,耐受小鼠裂解物和20%的血液

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稳定性好:37℃下存放7天,不影响产品性能

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快速简便:只需加入引物和模板即可进行扩增,带有上样染料,可直接电泳

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 保真度高,错配率低  

 

以不同物种基因组为模板,选取6段GC rich、极易发生碱基突变/丢失的片段进行扩增,将各自PCR产物克隆至载体,并对每种序列挑取100个单克隆进行测序以确认碱基序列错配/突变情况。结果显示10164ES发生碱基错配/突变的比例优于国内外品牌试剂。

 

 10kb以内片段扩增延伸时间可达5 sec/kb  

 

使用10164ES和不同产品均以5 sec/kb的延伸速度从100 ng人基因组模板扩增不同长度片段(0.4-10 kb),延伸时间均要求为5 sec/kb。结果显示,10164ES在10kb以内的片段均可以5 sec/kb的延伸速度扩增。Marker: Yeasen 10510ES。

 

 可扩增不同GC含量的基因片段  

 

使用10164ES从人gDNA模板中扩增23-76% GC含量片段,延伸时间设置5 sec/kb。结果显示,产品扩增特异性良好,能兼容不同GC含量片段扩增。Marker: Yeasen 10510ES。

 

 

可兼容不同类型的模板

 

 

 

使用10164ES从不同样本中扩增不同长度片段,延伸时间设置5-10 sec/kb。结果显示本产品扩增特异性良好,能兼容不同模板的不同片段扩增。

 

图解:1.小鼠gDNA 1 kb;2.小鼠gDNA 2 kb;3.小鼠gDNA 6 kb;4.玉米gDNA 1 kb;5.水稻gDNA 2 kb-A;6.水稻gDNA 2 kb-B;7.人293细胞cDNA 1 kb;8.人293细胞cDNA 2 kb ;9.人293细胞cDNA 3 kb;10.人293细胞cDNA 12 kb;11.大肠杆菌菌液8 kb;12.大肠杆菌菌液16 kb;13.水稻gDNA 10 kb-A;14.水稻gDNA 10 kb-B;15.水稻gDNA 10 kb-C;16.水稻gDNA 20 kb-A;17.水稻gDNA 20 kb-B;18.人血液直扩3 kb。Marker: Yeasen 10510ES。

 

 

 用户使用反馈  

动物gDNA-120bp-50%GC

 

 

 

客户评价:PCR过程速度快,条带合适,可在琼脂糖电泳中直接上样。进口N品牌的条带偏上,可能是自身的buffer影响,且未添加loading buffer,该产品可替代目前我的实验方案中的高保真酶。

 

 植物cDNA-729bp-45.13%GC  

 

客户评价:与进口T品牌相比,克隆条带更加清晰单一,整个PCR时间也更快,跑胶时不用再额外加染料,非常方便快捷。

 

 微生物gDNA-1158、1953bp-58.8%、52.9%GC  

 

客户评价:与国产V品牌相比,效果相当,个人感觉更佳。

 

 植物cDNA-2000bp-40%GC  

 

客户评价:效果很好,条带清楚。回到开头的问题,若小翌使用这款5秒/kb的快速高保真PCR Mix扩增5 kb的DNA片段用于克隆,理论上大概需要多久?

 

答案是~

 

预变性30s+(变性10s+退火5s+延伸25s)×35+终延伸2min=25min50s<<225min ᕙ(`▿´)ᕗ 省时间的同时还减少了错配情况的发生!

 

 

 翌圣高保真PCR推荐表 

 

 相关产品推荐 

 

产品定位

产品名称

货号

规格

TA/平末端通用高效拓扑克隆

Hieff Clone® Universal Zero TOPO TA/Blunt Cloning Kit

10906ES20

20 T

平末端拓扑克隆

Hieff Clone® Zero TOPO-Blunt Cloning Kit

10909ES20

20 T

平末端拓扑克隆,不含多克隆位点

Hieff Clone® Zero TOPO-Blunt Simple Cloning Kit

10910ES20

20 T

单片段同源重组克隆

Hieff Clone® Plus One Step Cloning Kit

10911ES20/50

20/50 T

单多片段通用同源重组

Hieff Clone® Universal One Step Cloning Kit

10922ES20/50

20/50 T

常规克隆感受态

TOP10 Chemically Competent Cell

11801ES80

10×100μL

常规克隆感受态

DH5α Chemically Competent Cell

11802ES80

10×100 μL

快速克隆感受态

DH5α Fast Chemically Competent Cell

11803ES80

10×100 μL

常规克隆感受态

BL21(DE3) Chemically Competent Cell

11804ES80

10×100 μL

快速PCR

2×Hieff® Ultra-Rapid HotStart PCR Master Mix(with Dye)

10157ES03/08

1/5×1 mL

常规条带分离

Agarose琼脂糖

10208ES60

100 g

安全无毒核酸染料

YeaRed Nucleic Acid Gel Stain(10,000× in Water)

10202ES76

500 μL

 

 

 

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