RNA测序（RNA-seq）是使用深度测序技术来研究生物体转录组的方法，主要包括转录组测序，小RNA测序及基因表达谱测序。数据的单个碱基的分辨率提供了关于单核苷酸多态性(SNP)、选择性剪接、外显子/内含子边界、非翻译区及其它元件的详细信息。RNA-seq不需要预先知道参考序列，使得从头的转录组分析和新的变异体和突变体的检测成为可能。
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| 图 RNA-seq 实验流程 |
RNA-seq中需要考虑的因素
第一个需要考虑的因素是样本富集。总RNA通常只包含比例很少的编码RNA或者功能RNA；样本中大部分RNA是核糖体RNA（rRNA：大约占到了总RNA的80–90%）和较少的转运RNA (tRNA)。为了避免将80–90%的测序资源用在重复的rRNA序列上，通常在测序之前，需要从样本中去除rRNA。这通常可以通过特定的消耗rRNA实现（同时保留编码RNA和非编码RNA），也可以通过使用寡聚胸腺嘧啶富集技术选择性富集Poly A实现（仅保留编码mRNA）。有一些其他的方法可以避免rRNA的影响，比如选择性降解大量转录物，或者不扩增rRNA的扩增技术。但是这些方法不像rRNA消耗或者poly A富集那么常见，并且可能扭曲转录物表征的正常水平。
另外一个需要考虑的因素是要研究的RNA的大小。RNA转录物跨越比较大的大小范围；与常规的RNA分析相比，关注小RNA的实验（比如microRNA或者长度范围在15–35bp的RNA），需要特别的纯化和文库构建方案。大多数其他大小的RN**段可以同时测序（RNA测序的常用步骤之一是将RNA分割成普通长度，比如200–300 nt长度的片段）。
QIAGEN RNA-seq整体解决方案
