BSA性状定位——快、准、“贱”！

什么是BSA？

BSA（Bulked Segregant Analysis）：称为混合分组分析法，是一种利用极端性状进行功能基因定位的一种方法。主要是将两组具有极端性状的群体进行混池测序，比较两组群体在多态位点（SNP）的等位基因频率（AF）是否具有显著差异，即而将目标性状基因定位在染色体区段上。

基于BSA的性状基因定位因其周期短，定位准，价格贱的优势，正受到分子育种家的热烈追捧，小编在此带大家深入的了解当下最流行的基因定位方法。

1、技术简介

BSA的技术方法主要有四种，分别是MutMap、MutMap+、MutMap-Gap、QTL-seq。四种技术基于的原理相同，即对研究的目标性状，选择表型差异显著的亲本构建出分离群体（或家系群体），再从分离群体中选取目标性状表型极端的一定数量的单体，混合构建两个DNA池(DNA pools)。通常以双亲的DNA作为对照（以利于对实验结果进行正确的分析和判断），比较两个DNA池之间的差异，两池之间的差异片段即为候选区域，所关注的基因或者QTL可能存在于该候选区域中。

图1 BSA原理图

2技术参数

常规BSA主要适用于质量性状单基因或数量性状主效基因的定位，一次BSA标准的分析仅能分析一个性状，超过一个性状需要进行多次分析。而在理论上，任何一个具有相对性状的亲本杂交后产生的分离后代都适用于BSA分析法。

在样本选取上，亲本：两个亲本，且亲本间目标性状差异显著；子代：选取极端性状个体，按表型分两组，每组≥20个体，常用的有F₂代群体、回交群体（BC）、重组自交系（RILs）、双单倍体群体（DH）等。

表1 BSA技术参数

表2 各技术方法材料比较

3建库及测序策略

建库：两个亲本分别建库，子代样品分别混池建库，构建400bp的插入片段，共4个文库；

测序平台：基于Hiseq平台，构建PE文库；

测序深度：具有表型差异的两个亲本，≥30X/亲本；每个子代池测序深度≥50X。

4分析内容

BSA性状定位分析内容及解决问题如下表所示。

表3 BSA性状定位分析内容

5技术优势

周期短

日本科学家利用BSA策略，结合Mutmap分析方法，找到控制水稻耐盐的候选基因OsRR22，仅用两年时间培育出耐盐性的水稻新品种，为快速进行作物育种提供了新的思路。该研究成果于2015年5月22日在线发表于国际著名学术期刊《Nature Biotechnology》(IF:39.08)。

派森诺BSA采用先进的HiSeq测序平台和高性能计算平台，成熟的项目流程，仅需40天就能快速定位目标性状候选基因。

定位准

目前，采用BSA混样策略成功定位的基因有黄瓜早花基因、水稻耐盐基因、斑马鱼胰腺突变基因等。

派森诺采用BSA策略进行目标性状定位，结合丰富的项目经验，专业的项目方案指导和分析流程，可有效找到候选基因并缩小目标基因范围。

性价比高

运用BSA方法进行性状定位的价格与物种的基因组大小有关，派森诺一个项目的平均价格仅在几万左右，价格实惠，如此高性价比、实用性强的性状基因定位方法，无疑会得到广大育种家的热烈追捧。

文章好

BSA性状定位的许多相关研究成果已发表在《Nature Biotechnology》（IF:39.08）、《Genome Biology》（IF:10.465）、《The Plant Journal》（IF:6.582）、《BMC Genomics》（IF:4.397）等著名期刊上。

文案